Last updated on 2025-02-18 02:50:53 CET.
| Flavor | Version | Tinstall | Tcheck | Ttotal | Status | Flags |
|---|---|---|---|---|---|---|
| r-devel-linux-x86_64-debian-clang | 4.0.3 | 11.36 | 254.63 | 265.99 | OK | |
| r-devel-linux-x86_64-debian-gcc | 4.0.3 | 7.05 | 164.49 | 171.54 | OK | |
| r-devel-linux-x86_64-fedora-clang | 4.0.3 | 480.39 | ERROR | |||
| r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc | 4.0.3 | 436.22 | ERROR | |||
| r-devel-macos-arm64 | 4.0.3 | 105.00 | OK | |||
| r-devel-macos-x86_64 | 4.0.3 | 267.00 | OK | |||
| r-devel-windows-x86_64 | 4.0.3 | 12.00 | 218.00 | 230.00 | OK | |
| r-patched-linux-x86_64 | 4.0.3 | 12.03 | 243.74 | 255.77 | OK | |
| r-release-linux-x86_64 | 4.0.3 | 11.16 | 237.66 | 248.82 | OK | |
| r-release-macos-arm64 | 4.0.3 | 112.00 | NOTE | |||
| r-release-macos-x86_64 | 4.0.3 | 170.00 | OK | |||
| r-release-windows-x86_64 | 4.0.3 | 12.00 | 223.00 | 235.00 | OK | |
| r-oldrel-macos-arm64 | 4.0.3 | 115.00 | OK | |||
| r-oldrel-macos-x86_64 | 4.0.3 | 294.00 | OK | |||
| r-oldrel-windows-x86_64 | 4.0.3 | 16.00 | 288.00 | 304.00 | OK |
Version: 4.0.3
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat_tests.R’ [302s/535s]
Running the tests in ‘tests/testthat_tests.R’ failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(WeMix)
Loading required package: lme4
Loading required package: Matrix
WeMix v4.0.3
> test_check('WeMix')
[ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
══ Skipped tests (14) ══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
• On CRAN (14): 'test-1-main.R:172:3', 'test-1-main.R:202:3', 'test-1-main.R:233:3', 'test-1-main.R:334:3', 'test-1-main.R:751:3', 'test-1-main.R:835:3', 'test-1-main.R:895:3', 'test-1-main.R:1061:3', 'test-1-main.R:1153:5', 'test-1-main.R:1249:3', 'test-1-main.R:1275:3', 'test-2-four-level.R:2:1', 'test-4-ECLS.R:2:1', 'test-5-TIMSS.R:2:1'
══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
── Failure ('test-1-main.R:24:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$theta) not equal to unname(lme1@theta).
1/1 mismatches
[1] 1.17 - 0.889 == 0.277
── Failure ('test-1-main.R:29:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 278)
[1] 1297 - 802 == 495
[2] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:57:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(mm$lnl) not equal to unname(logLik(lmr)[[1]]).
1/1 mismatches
[1] -903 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:115:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm2$vars) not equal to unname(lmewm2vars)^2.
3/3 mismatches (average diff: 208)
[1] 589 - 589 == -0.155
[2] 33 - 589 == -556.436
[3] 657 - 589 == 67.066
── Failure ('test-1-main.R:121:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
`lme4ranef` not equal to wm2$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1807847
Component "Days": Mean relative difference: 0.1578169
── Failure ('test-1-main.R:123:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
predict(lme2) not equal to predict(wm2).
179/179 mismatches (average diff: 1.92)
[1] 318 - 319 == -0.519
[2] 333 - 331 == 1.434
[3] 361 - 358 == 3.630
[4] 260 - 251 == 8.104
[5] 239 - 249 == -9.750
[6] 218 - 215 == 2.492
[7] 325 - 324 == 1.032
[8] 357 - 357 == 0.786
[9] 333 - 334 == -0.669
...
── Failure ('test-1-main.R:129:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
predict(lme2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE) not equal to predict(wm2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE).
179/180 mismatches (average diff: 1.78)
[1] 327 - 328 == -0.697
[2] 249 - 250 == -1.000
[3] 333 - 334 == -0.669
[4] 306 - 307 == -0.266
[5] 246 - 250 == -3.798
[6] 248 - 250 == -1.815
[7] 219 - 221 == -1.697
[8] 398 - 392 == 6.228
[9] 323 - 323 == 0.320
...
── Failure ('test-1-main.R:375:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
── Failure ('test-1-main.R:377:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Group not equal to lm0RE$Group.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1976107
── Failure ('test-1-main.R:382:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
── Failure ('test-1-main.R:386:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
4/4 mismatches (average diff: 283)
[1] 193.1 - 564 == -371
[2] 28.3 - 564 == -536
[3] 438.1 - 564 == -126
[4] 664.6 - 564 == 101
── Failure ('test-1-main.R:389:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -873 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:390:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
1/2 mismatches
[1] 252 - 252 == -0.313
── Failure ('test-1-main.R:391:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 665 - 564 == 101
── Failure ('test-1-main.R:396:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
ranef$Subject not equal to wm0$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.4534233
Component "Days": Mean relative difference: 0.2312736
── Failure ('test-1-main.R:397:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
ranef$Group not equal to wm0$ranefMat$Group.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.2219234
── Failure ('test-1-main.R:458:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 303)
[1] 1599 - 1045 == 553.8
[2] 908 - 959 == -51.2
── Failure ('test-1-main.R:461:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -1094 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:463:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 908 - 959 == -51.2
── Failure ('test-1-main.R:468:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
`lm0ranef` not equal to wm0$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.03309285
── Failure ('test-1-main.R:499:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 278)
[1] 1297 - 802 == 495
[2] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:502:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -897 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:504:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:568:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
3/3 mismatches (average diff: 207)
[1] 423 - 734 == -311.3
[2] 755 - 474 == 281.0
[3] 1127 - 1099 == 27.7
── Failure ('test-1-main.R:571:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -1348 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:572:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
2/2 mismatches (average diff: 0.114)
[1] 245.8 - 246.0 == -0.2088
[2] 12.4 - 12.4 == -0.0196
── Failure ('test-1-main.R:573:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 1127 - 1099 == 27.7
── Failure ('test-1-main.R:874:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
1/1 mismatches
[1] -893 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:875:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lmr).
1/2 mismatches
[1] 250 - 250 == -0.146
── Failure ('test-1-main.R:876:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 897 == 57.6
── Failure ('test-1-main.R:886:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
1/1 mismatches
[1] -893 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:887:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(coef(wm0)) not equal to unname(fixef(lmr)).
1/2 mismatches
[1] 297 - 298 == -0.146
── Failure ('test-1-main.R:888:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 897 == 57.6
[ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
Error: Test failures
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang
Version: 4.0.3
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat_tests.R’ [265s/345s]
Running the tests in ‘tests/testthat_tests.R’ failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(WeMix)
Loading required package: lme4
Loading required package: Matrix
WeMix v4.0.3
> test_check('WeMix')
[ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
══ Skipped tests (14) ══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
• On CRAN (14): 'test-1-main.R:172:3', 'test-1-main.R:202:3', 'test-1-main.R:233:3', 'test-1-main.R:334:3', 'test-1-main.R:751:3', 'test-1-main.R:835:3', 'test-1-main.R:895:3', 'test-1-main.R:1061:3', 'test-1-main.R:1153:5', 'test-1-main.R:1249:3', 'test-1-main.R:1275:3', 'test-2-four-level.R:2:1', 'test-4-ECLS.R:2:1', 'test-5-TIMSS.R:2:1'
══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
── Failure ('test-1-main.R:24:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$theta) not equal to unname(lme1@theta).
1/1 mismatches
[1] 1.17 - 0.889 == 0.277
── Failure ('test-1-main.R:29:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 278)
[1] 1297 - 802 == 495
[2] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:57:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(mm$lnl) not equal to unname(logLik(lmr)[[1]]).
1/1 mismatches
[1] -903 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:115:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm2$vars) not equal to unname(lmewm2vars)^2.
3/3 mismatches (average diff: 208)
[1] 589 - 589 == -0.155
[2] 33 - 589 == -556.436
[3] 657 - 589 == 67.066
── Failure ('test-1-main.R:121:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
`lme4ranef` not equal to wm2$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1807847
Component "Days": Mean relative difference: 0.1578169
── Failure ('test-1-main.R:123:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
predict(lme2) not equal to predict(wm2).
179/179 mismatches (average diff: 1.92)
[1] 318 - 319 == -0.519
[2] 333 - 331 == 1.434
[3] 361 - 358 == 3.630
[4] 260 - 251 == 8.104
[5] 239 - 249 == -9.750
[6] 218 - 215 == 2.492
[7] 325 - 324 == 1.032
[8] 357 - 357 == 0.786
[9] 333 - 334 == -0.669
...
── Failure ('test-1-main.R:129:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
predict(lme2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE) not equal to predict(wm2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE).
179/180 mismatches (average diff: 1.78)
[1] 327 - 328 == -0.697
[2] 249 - 250 == -1.000
[3] 333 - 334 == -0.669
[4] 306 - 307 == -0.266
[5] 246 - 250 == -3.798
[6] 248 - 250 == -1.815
[7] 219 - 221 == -1.697
[8] 398 - 392 == 6.228
[9] 323 - 323 == 0.320
...
── Failure ('test-1-main.R:375:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
── Failure ('test-1-main.R:377:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Group not equal to lm0RE$Group.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1976107
── Failure ('test-1-main.R:382:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
── Failure ('test-1-main.R:386:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
4/4 mismatches (average diff: 283)
[1] 193.1 - 564 == -371
[2] 28.3 - 564 == -536
[3] 438.1 - 564 == -126
[4] 664.6 - 564 == 101
── Failure ('test-1-main.R:389:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -873 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:390:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
1/2 mismatches
[1] 252 - 252 == -0.313
── Failure ('test-1-main.R:391:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 665 - 564 == 101
── Failure ('test-1-main.R:396:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
ranef$Subject not equal to wm0$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.4534233
Component "Days": Mean relative difference: 0.2312736
── Failure ('test-1-main.R:397:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
ranef$Group not equal to wm0$ranefMat$Group.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.2219234
── Failure ('test-1-main.R:458:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 303)
[1] 1599 - 1045 == 553.8
[2] 908 - 959 == -51.2
── Failure ('test-1-main.R:461:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -1094 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:463:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 908 - 959 == -51.2
── Failure ('test-1-main.R:468:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
`lm0ranef` not equal to wm0$ranefMat$Subject.
Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.03309285
── Failure ('test-1-main.R:499:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
2/2 mismatches (average diff: 278)
[1] 1297 - 802 == 495
[2] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:502:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -897 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:504:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 1016 == -61
── Failure ('test-1-main.R:568:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
3/3 mismatches (average diff: 207)
[1] 423 - 734 == -311.3
[2] 755 - 474 == 281.0
[3] 1127 - 1099 == 27.7
── Failure ('test-1-main.R:571:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
1/1 mismatches
[1] -1348 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:572:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
2/2 mismatches (average diff: 0.114)
[1] 245.8 - 246.0 == -0.2088
[2] 12.4 - 12.4 == -0.0196
── Failure ('test-1-main.R:573:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 1127 - 1099 == 27.7
── Failure ('test-1-main.R:874:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
1/1 mismatches
[1] -893 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:875:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
coef(wm0) not equal to fixef(lmr).
1/2 mismatches
[1] 250 - 250 == -0.146
── Failure ('test-1-main.R:876:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 897 == 57.6
── Failure ('test-1-main.R:886:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
1/1 mismatches
[1] -893 - -Inf == Inf
── Failure ('test-1-main.R:887:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(coef(wm0)) not equal to unname(fixef(lmr)).
1/2 mismatches
[1] 297 - 298 == -0.146
── Failure ('test-1-main.R:888:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
1/1 mismatches
[1] 955 - 897 == 57.6
[ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
Error: Test failures
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc
Version: 4.0.3
Check: package dependencies
Result: NOTE
Package suggested but not available for checking: ‘glmmTMB’
Flavor: r-release-macos-arm64